Đề tài Tin Sinh học: Ứng dụng các công cụ tin học để khai thác thông tin trên đối tượng gà Ác

TRƯỜNG ĐẠI HỌC QUY NHƠNKhoa Sinh-KTNNTin sinh học:	I. Giới thiệu:Hai tác giả T K Attwood và D J Parry-Smith, trong cuốn sách “Introduction to Bioinformatics“, Prentice-Hall 1999 [Longman Higher Education; ISBN 0582327881] định nghĩa:“Thuật ngữ tinh sinh học dùng để ám chỉ mọi ứng dụng của máy tính vào trong nghiên cứu sinh học, mà trước đây, vào giữa thập niên 1980, đã được gọi là phân tích dữ liệu về chuỗi trong sinh học”- Tác giả Mark S. Boguski trong bài báo ‘Bionformatics – a new era‘ năm 1998 cho rằng: 	 “Thuật ngữ ‘tinh sinh học’ là một phát minh gần đây, chưa hề được đề cập từ trước năm 1991, và nhờ sự xuất hiện các tài liệu ấn bản điện tử. Tôi cho rằng sự xuất hiện của khái niệm tinh sinh học, có thể mô tả chính xác nhất, là nhờ vào sự hội tụ của 2 yếu tố cách mạng kĩ thuật: kĩ thuật trong công nghệ sinh học và sự bùng nổ công nghệ thông tin Vì thế, tin sinh học, thực ra, đã tồn tại từ hơn 30 năm nay và bây giờ đang ở giai đoạn trung niên” - Khởi nguồn của tin sinh học có thể nói bắt đầu từ 1968 lúc Margaret Dayhoff cùng với bộ sưu tập các chuỗi protein gọi là ‘Atlas of Protein Sequence and Structure’. Một trong những ứng dụng đầu tiên của tin sinh học là truy tìm sự giống nhau về chuỗi để tìm nguồn gốc các gien của virus. Chương trình được sử dụng cho mục đích này, lúc đó là FASTP. Một kiểu thức mới đang xuất hiện là tất cả các‘genes’ sẽ sớm được biết hết (theo nghĩa có trong các cơ sở dữ liệu điện tử), và nghĩa là điểm bắt đầu của một khảo sát sinh học sẽ là lý thuyết. Mỗi nhà khoa học sẽ khởi đầu bằng một ước đoán lý thuyết, rồi mới chuyển qua làm thí nghiệm để theo hoặc kiểm tra giả thuyết.Để dùng dòng chảy tri thức trên các mạng toàn cầu, các nhà sinh học không những phải biết dùng máy tính, mà còn phải thay đổi cách tiếp cận của mình đối với bài toán hiểu sự sống. II. Cơ sở dữ liệu của tin sinh học:Primary public domain bioinformaticsServers Giao diện trang web của NCBIGiao diện trang web của EBIGiao diện trang web của DDBJB. Ứng dụng khai thác thông tin trong đề tài I. Các phần mềm cài đặt 1. Clustalx	 2. Tree3. PymolB1. Vào google gõ từ khóa CNBI để search  chọn mục nucleotid gõ MHC B21( 1 dạng Pr của gà )  Click vào Search  Cho 77 kết quả  Click vào kết quả số 3  Trình tự nucleotid  Send  File  Fasta  Creat file : chuỗi trình tự được đưa về máy.Kết quả: LOCUS JF794490 2106 bp mRNA linear VRT 31-MAY-2011DEFINITION Gallus gallus transporter associated with antigen presentation 2 (TAP2) mRNA, TAP2-B21 allele, complete cds.ACCESSION JF794490VERSION JF794490.1 GI:332167857KEYWORDS .SOURCE Gallus gallus (chicken) ORGANISM Gallus gallus domenticus Brisson Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Archosauria; Dinosauria; Saurischia; Theropoda; Coelurosauria; Aves; Neognathae; Galliformes; Phasianidae; Phasianinae; Gallus.REFERENCE 1 (bases 1 to 2106)II. Thao tác khai thác thông tin AUTHORS Walker,B.A., Hunt,L.G., Sowa,A.K., Skjodt,K., Gobel,T.W., Lehner,P.J. and Kaufman,J. TITLE The dominantly expressed class I molecule of the chicken MHC is explained by coevolution with the polymorphic peptide transporter (TAP) genes JOURNAL Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 108 (20), 8396-8401 (2011) PUBMED 21536896REFERENCE 2 (bases 1 to 2106) AUTHORS Kaufman,J., Walker,B.A., Hunt,L.G., Sowa,A.K., Skjodt,K., Gobel,T.W. and Lehner,P.J. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (07-APR-2011) Department of Pathology, University of Cambridge, Tennis Court Road, Cambridge CB2 1QP, United KingdomFEATURES Location/Qualifiers source 1..2106 /organism="Gallus gallus" /mol_type="mRNA" /db_xref="taxon:9031" /chromosome="16" /haplotype="B21" /note="line H.B21, N, 0" gene 1..2106 /gene="TAP2" /allele="B21" CDS 1..2106 /gene="TAP2" /allele="B21" /note="part of ABC transporter for loading peptides on MHC class I molecules" /codon_start=1 /product="transporter associated with antigen presentation 2" /protein_id="AEE25625.1" /db_xref="GI:332167858" /translation="MAMPPYILRLSCTLLLADLALMLALAHFFPALAHLGWVGSWLEA GLRLLVLGGAGQLLAPRGPHGAAVLLSLGPAIFLTLRGYVGLPGAAPVLLAMATPSWL VLTHGTAVVALLTWSLLVPTVATGAKEAEAWVPLRRLLALAWPEWPFLGCAFLFLALA ALGETSVPYCTGRALDVLRQGDGLAAFTAAVGLMCLASASSSLFAGCRGGLFTFIRFR FVLRTRDQLFSSLVYRDLAFFQKTTAAELASRLTTDVTLASNVLALNINVMLRNLGQV LGLCAFMLGLSPRLTMLALLEVPLAVTARKVYDTRHQMLQRAVLDAAANTGAAVQESI SSIEMVRVFNGEEEEEYRYSQVLDRTLRLRDQRDTERAIFLLIQRVLQLAVQALVLYC GHQQLREGTLTAGSLVAFILYQTKAGSCVQALAYSYGDLLSNAVAACKVFDYLDWERA VGAGGTYVPTRLRGHVTFHRVSFAYPTRPERLVLQDVTFELRPGEVTALAGLNGSGKS TCVALLERFYEPGAGEVLLDGVPLRDYEHRYLHRQVALVGQEPVLFSGSIRDNIAYGM EDCEEEEIIAAAKAAGALGFISALEQGFGTDVGERGGQLSAGQKQRIAIARALVRRPT VLILDEATSALDGDSDAMLQQWVRNGGDRTVLLITHQPRMLEKADRVVVLEHGTVAEM GTPAELRTRGGPYSRLLQH" Trình tự nucleotid:ORIGIN 1 atggcgatgc cgccctacat tctgcgcctg tcatgcacgc tgctcctggc cgacctggcc 61 ctcatgttgg ccctggccca cttcttccca gcactggccc atttgggctg ggtgggctcc 121 tggctggagg ccgggctgcg cctcctggtg ctgggggggg ccgggcagct gctggccccc 181 aggggacccc atggggctgc ggtgctgctg agcctgggcc ccgccatctt cctgacccta 241 cggggctatg taggtctgcc tggagctgcc ccggtgctgc tggccatggc aacgccgtcc 301 tggctggtgc tgacccacgg gacagctgtg gtggcattgc tcacctggag cctcctggtc 361 cccactgtgg ccactggggc aaaggaggca gaggcctggg tgcccctgag gcggctgctg 421 gccctcgcct ggcccgagtg gcccttcctt ggctgtgcct tcctcttcct cgcattggct 481 gcactgggtg agacctcagt gccctactgc accgggaggg ctctggatgt cctccgccag 541 ggggacggcc tcgccgcctt caccgctgct gtcggcctca tgtgcctggc ctctgccagc 601 agctcgctgt ttgccggctgccgcggtggc ctcttcacct tcatcaggtt ccgcttcgtc 661 ttgcgcaccc gcgaccagct cttctccagc ctggtgtacc gggacctcgc cttcttccag 721 aagaccacag cagctgagtt ggcctcccgg ctgaccaccg atgtgacgct ggcgagcaac 781 gtgttggcac tcaatatcaa cgtcatgctg aggaacctgg ggcaggtgct ggggctctgc 841 gccttcatgc tggggctgtc cccgcgcctg acaatgctgg cactgctcga agtgccgctc 901 gccgtcaccg cacggaaagt ctatgacacc cggcaccaga tgctgcagcg ggccgtgctg 961 gatgcagcag ccaacactgg agcggcagtg caggagtcca tctcttccat tgagatggta 1021 cgggtcttca atggcgagga ggaggaggag taccgctaca gccaggtgct ggacaggacc 1081 ctacggctgc gggaccagcg ggacacagag agggccattt ttctcctcat ccagcgggtg 1141 ctgcagttgg ccgtgcaggc actggtgcta tactgtgggc accagcagct ccgcgagggg 1201 accctcactg ccggcagcct cgtcgccttc atcctctacc agactaaagc tggcagctgc 1261 gtgcaggcac tggcgtactc ctatggtgac cttctgagca atgcagtggc cgcctgcaag 1321 gtctttgatt acctggactg ggagcgagct gtgggtgctg gtggcaccta tgtgcccacc 1381 agactgcggg gccacgtcac cttccatcgg gtgtccttcg cctatcccac tcgccctgag 1441 cgcctcgtcc tgcaagatgt caccttcgag ctgcgccccg gtgaggtgac ggcgttggcg 1501 gggctgaatg gcagcgggaa gagcacctgc gtggcactgc tggagagatt ctatgaacct 1561 ggggctgggg aagtgctgct ggacggggtg ccgctgcggg actacgagca ccgctacctg 1621 caccgccagg tggcactggt ggggcaggaa cccgtgctct tctctggctc cattcgggat 1681 aacattgcct acgggatgga ggactgcgaa gaggaggaga tcatagcagc tgcaaaggct 1741 gcaggtgctt tgggcttcat ctctgcactg gagcaaggct ttggcactga cgtaggggag 1801 agaggggggc agctgtcagc ggggcagaag cagcgcatcg ccattgcccg cgctttggtg 1861 cggcgtccca ccgtccttat cctcgacgaa gccaccagtg ctctggatgg ggacagcgat 1921 gcaatgctgc agcagtgggt gaggaatgga ggggaccgga cggtgctgct catcacccac 1981 caaccacgga tgctggagaa ggcagaccgc gttgtggtgc tggagcatgg cacggtggct 2041 gagatgggga cacccgccga gctgaggacc cgcggcggac cctacagccg gctgctacag 2101 cactga B2. Sử dụng phần mềm Clustalx để tạo đuôi phB3. Dùng Tree để vẽ cây phát sinhB4. vào pdp để download file Pr tương ứng, sử dụng pymol để mở cấu trúc không gian phân tử Pr ấyC. Kết luậnTính cần thiết của nghành học cho các nhà sinh học ngày nay là không thể phủ nhận bởi tính thiết thực và hiệu quả của nó. Các chương trình ngày các chuẩn xác, dễ sử dụng đối với các nhà sinh học. Xin mượn ý của nhà Bác học Saclơ Đacuyn cho sự khẳn định : It’s not the strongest, nor the most intelligent, but the species most adaptable to change has the best chance of survival. Xin chân thành cảm ơn Thầy vì những kiến thức mới mẻ và đầy giá trị!