Tin Sinh học - Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein (2)

ó sẵn, nên về nguyên tắc phần mềm này có thể được chạy trên bất kỳ hệ thống UNIX nào, miễn là thư viện đồ họa OpenGL được cài đặt.Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein7.1 Giới thiệuKhung nền chínhDanh sách đối tượngGiao diện menuNhững chuột lệnhMovie điều khiểnDòng lệnhPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Hình trên cho thấy các phần chính của cửa sổ PyMol. Danh sách các đối tượng cho thấy đối tượng được nạp hiện thời; đối tượng có thể được ẩn bằng cách nhấn vào thanh chứa tên của nó. Ở bên phải của mỗi tên đối tượng là bốn ô vuông chỉ các menu thả xuống khi nhấp vào. Ô vuông đầu tiên cho phép bạn thực hiện các hành động cơ bản trên bất kỳ đối tượng nào (xóa nó, trung tâm xem trên nó, vv). Ô vuông thứ hai là biểu diễn đối tượng, chuyển hướng theo đại diện khác nhau (phim hoạt hình, khung dây, spacefill, vv). Ngược lại, ô vuông thứ ba là trình đơn 'ẩn'. Ô vuông cuối cùng điều khiển màu sắc của từng đối tượng.7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Trong khi một số chức năng đơn giản có sẵn thông qua các menu GUI, hầu hết các tương tác với PyMol là thông qua một hệ thống ngôn ngữ đặc biệt. Hình thức cơ bản của một lệnh là một từ khóa, các yêu cầu của lệnh có thể cách nhau bằng một hoặc nhiều dấu phẩy. Ví dụ: lệnh “color red, hetatm” màu của tất cả các phân tử không phải là protein đều là màu đỏ.Ngược lại,không sử dụng lệnh thứ 2 trong trường hợp tất cả các nguyên tử là màu đỏ. Trong hầu hết trường hợp, yêu cầu đầu tiên là 1 lệnh cụ thể được sử dụng (ví dụ như một tên tập tin để tải / lưu, hoặc tên một màu cho màu sắc), trong khi phần thứ hai, là tên của đối tượng hoặc chọn lệnh được áp dụng.7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Các lệnh được sử dụng phổ biến nhất được liệt kê trong bảng dưới đây, có danh sách đầy đủ, được lấy từ trang web:]. Để đơn giản, đây không phải là tất cả các lệnh tùy chọn được liệt kê, mà chỉ là những lệnh được sử dụng phổ biến nhất (được hiển thị giữa các dấu ngoặc vuông). 7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.2 Xem hình ảnh cấu trúc Protein 	Một khi bạn đã tải một tập tin vào PyMOL bạn có thể nhìn thấy các trình tự của bất kỳ peptide (và thông tin về tên của dư lượng từ đại phân tử, phân tử khác không-peptide) của các chuỗi trong file cấu trúc.	Để làm điều này, bạn cần phải chuyển đổi "Trình tự On" tùy chọn, truy cập thông qua trình đơn "Hiển thị" Menu-Bar Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.2 Xem hình ảnh cấu trúc Protein 	Việc này sẽ hiển thị thứ tự của các dây chuyền như hình dưới đây với các dư lượng chuỗi màu giống như các vùng tương ứng của cấu trúc 11 Lựa chọn khu vực của kết cấu 	Để chọn (làm nổi bật / thay đổi màu / thay đổi đại diện) dư lượng axit amin trong chuỗi, chỉ cần chọn các dư lượng bạn muốn để làm nổi bật bằng cách sử dụng nút chuột trái - hoặc chọn một số cùng một lúc, chỉ cần kéo dọc theo trình tự trong khi giữ nút chuột trái.	Dư lượng trình tự được lựa chọn sẽ được đánh dấu theo thứ tự tại cùng một thời gian, khu vực của cấu trúc tương ứng với các dư lượng cũng sẽ được nhấn mạnh bằng cách thêm dấu chấm màu tím cho các nguyên tử được lựa chọn.	12 Phần còn sót lại cũng có thể được lựa chọn bằng cách nhấp chuột trái vào chúng trực tiếp trong cửa sổ xem cấu trúc (và mạnh mẽ nhất, bằng cách sử dụng "chọn" lệnh tại dấu nhắc PyMOL)13 Hoạt động trên Selections	Sau khi lựa chọn được tạo ra, bạn có thể thay đổi các khía cạnh của nó được hiển thị, và sử dụng nó như là cơ sở của một loạt các hoạt động khác nhau. Ví dụ như bạn có thể sử dụng nó để tạo ra thêm một lựa chọn có chứa tất cả các nguyên tử / dư lượng trong một khoảng cách nhất định việc lựa chọn ban đầu, bạn có thể dự đoán địa chỉ liên lạc trong khu vực.	Để hoạt động về việc lựa chọn sử dụng giao diện đồ họa PyMOL, chúng tôi làm việc với danh sách lựa chọn ở phía bên phải của cửa sổ giao diện - ví dụ, trong hình ảnh được hiển thị dưới đây, có bốn lựa chọn khác nhau được liệt kê, với những cái tên: Tất cả, 1PVD, chuỗi a, sele. 14	Bạn sẽ nhận thấy rằng lựa chọn đều có một tập hợp của 5 nút liên kết với nó - đây là: A- "Hoạt động" S - "Hiển thị" H - "Ẩn" L - "Nhãn" C - "Màu sắc" 15	Bằng cách nhấp vào các nút này, các menu của những hành động có thể được áp dụng để lựa chọn được hiển thị một menu khác nhau cho mỗi 5 nút khác nhau. Ví dụ, trong hình dưới đây, "C" nút (màu sắc) đã được nhấn vào, sản xuất đơn màu (mà từ đó thêm "Magenta" trình đơn đã được tiết lộ bằng cách chọn một trong các yếu tố từ danh sách trình đơn màu 16"Tất cả" và "sele" lựa chọn	Nếu có bất kỳ dữ liệu được nạp vào PyMOL, sau đó sẽ có ít nhất một lựa chọn trong danh sách lựa chọn "tất cả". Lựa chọn này bao gồm tất cả các nguyên tử hiện đang được nạp vào PyMOL, và cho phép người sử dụng để thực hiện thay đổi trên toàn cầu.	Nếu có bất kỳ dư lượng / nguyên tử ... bên trong cấu trúc, và các lựa chọn đã không được cố tình đổi tên, sau đó sẽ có một lựa chọn thứ hai trong danh sách, "sele", đó là liên kết với các thiết lập hiện đang được chọn của các nguyên tử / dư lượng...17	"C" - Thay đổi màu chọn lọc	Để thay đổi màu sắc của vùng chọn, nhấn nút chuột trái trên hộp "C" kết hợp với lựa chọn 18	Sau đó chọn màu sắc mà bạn muốn lựa chọn, dưới đây chúng tôi chọn màu đỏ tươi như màu sắc mới 19	Các dư lượng axit amin được lựa chọn, cả hai trong trình xem sequece, và trong cơ cấu, thay đổi màu sắc cho màu đỏ tươi 20	Ngoài ra, bạn có thể chọn vùng màu sắc khác nhau của cấu trúc bằng cách sử dụng một bộ quy tắc này bao gồm: 	"Nguyên tố" - hữu ích khi bạn đang quan tâm đến các chi tiết của các chất hóa học của một khu vực cụ thể của protein - mặc định là:carbon - greenoxy đỏnitơ - bluehydrogen - Trắnglưu huỳnh - cam	"Bởi chuỗi" - hữu ích để hình dung cấu trúc quaterunary của protein (phức tạp)của các chuỗi khác nhau được mô tả trong các tập tin PDB là được giao (tự động) một màu sắc khác nhau 21	Bởi ss "(nghĩa là" cấu trúc thứ cấp ") để có được một cái nhìn tổng quan về cấu trúc đại học của protein - mặc định là:alpha xoắn - đỏbeta sợi - màu vàngloop - green 	"H" - ẩn các khu vực lựa chọn	Để thực hiện các tính năng đặc biệt của một cấu trúc dễ dàng hơn để hình dung, chúng ta thường muốn ẩn các phần của cơ quan đại diện và để làm điều này, chúng tôi sử dụng "H" ẩn nút. Ví dụ, chúng ta thường bắt đầu một phiên bằng cách ẩn tất cả mọi thứ từ sự lựa chọn "tất cả" để chúng ta có thể xây dựng chính xác đại diện chúng tôi yêu cầu. 22	Trong menu "H", chúng tôi sẽ có được sự lựa chọn để ẩn: Tất cả mọi thứ - tất cả các nguyên tử .... kết hợp với lựa chọn đó đường / thanh / băng / phim hoạt hình - đây là bốn cách khác nhau của đại diện các chuỗi polypeptide. Một số trong số đó có thể được sử dụng cùng một lúc, vì vậy bạn có thể ẩn "hình cầu" đại diện và thấy rằng bên dưới nó đại diện "dính" là vẫn còn trong bên chuỗi / chuỗi chính - nó có thể ẩn hoặc chỉ có các chuỗi chính hoặc các nguyên tử chuỗi bên bằng cách sử dụng các tùy chọn này.23	Thay đổi nguồn gốc của xoay: Chọn một khu vực quan tâm ( như mô tả ở trên ), bạn nhấn phải chuột vào lựa chọn, và chọn "xuất xứ" từ menu xuất hiện.	Ngoài ra, dư lượng, và sử dụng "A" (Hoạt động) menu để lựa chọn các lựa chọn như là nguồn gốc mới quay - chọn "nguồn gốc" từ trình đơn hoạt động. 	Điều chỉnh cấu trúc / Selections: Để sắp xếp cho các cấu trúc / khu vực của các cấu trúc với mỗi nhấp chuột trái, chuột "A" ("hoạt động") nút cho các đối tượng hoặc lựa chọn canh lề .2425	Ở đây bạn chọn "Align" hoạt động, sau đó thường "lựa chọn" (mặc dù cố gắng "phân tử" nếu tùy chọn này không làm việc), và sau đó chọn tên của các lựa chọn mà bạn muốn sắp xếp26	Tiết kiệm một Screenshot PyMOL / Hình ảnh	Đôi khi bạn sẽ muốn lưu hình ảnh mà bạn đã đạt được trong các màn hình xem PyMOL như một tập tin hình ảnh riêng biệt. Để làm điều này, sử dụng tùy chọn menu-bar File-> Save Image ... 27Ý nghĩa việc sử dụng phần mềm PyMOL	Sau khi phân tử protein hình thành các cấu trúc bậc cao thì nó còn tồn tại một vị trí nào đó mang điện tích hoặc vị trí này có khả năng liên kết theo kiểu cho nhận .Thì chính tại vị trí này là nơi phân tử protein tương tác với chất khác để thực hiện chức năng của mình.Ở emzim thì gọi là các trung tâm hoạt động của enzim.Chương trình tin sinh học có phần giúp chúng ta dự đoán được cấu trúc của protein thông qua trình tự các nucleotit hoặc thông qua trình tự các axit amin .Và phần mềm sử dụng phổ biến hiện nay là phần mềm PyMoL.28Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Trước tiên bạn vào google và nhập NCBI và tìm kiếm ta sẽ có được giao diện như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Vào PubMed rồi chon Protein và nhập tên insulin vào ô bên phải ta sẽ có được giao diện như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Chọn insulin (Homo sapiens) ta sẽ có được giao diện như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Sau đó vào send to dưới dạng file có đuôi là PDB hoặc PSE, ta sẽ có được kết quả như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Nếu chúng ta muốn xem những file mới được lưu về trên chương trình PyMol. Đầu tiên chúng ta phải mở phần mềm PyMol, lúc này ta sẽ có được kết quả như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Sau đó vào file trên phần mềm PyMol, chọn open, mở file mới lưu về ta sẽ có được kết quả như sau:Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.3 Thực hành xem hình ảnh cấu trúc Protein insulin ở người trên chương trình PyMol.	Chúng ta có thể xem cấu trúc protein này theo nhiều phương diện khác nhau trên phần mềm PyMol theo hướng dẫn phần 7.2.	CHÚC CÁC BẠN THÀNH CÔNG!