Tin Sinh học - Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein

PHẦN 7HÌNH ẢNH CỦA CẤU TRÚC PROTEIN Giảng viên hướng dẫn: TS. Võ Văn Toàn.Học viên thực hiện: Võ Văn Tấn.Lớp: Sinh học Thực nghiệm khóa 14.Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein7.1 Giới thiệu 	Giới thiệu ngắn sau đây được lấy từ trang hướng dẫn PyMol Gareth Stockwell  ~ Gareth / pymol /	PyMol là phần mềm miễn phí, dùng để đồ họa cấu trúc phân tử được tạo bởi Warren Delano. Có thể tải phần mềm này từ trang web www.pymol.org, cài đặt các phiên bản có sẵn cho Windows, Mac, SGI và các nền tảng Linux. Vì mã nguồn có sẵn, nên về nguyên tắc phần mềm này có thể được chạy trên bất kỳ hệ thống UNIX nào, miễn là thư viện đồ họa OpenGL được cài đặt.Phần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein7.1 Giới thiệuKhung nền chínhDanh sách đối tượngGiao diện menuNhững chuột lệnhMovie điều khiểnDòng lệnhPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Hình trên cho thấy các phần chính của cửa sổ PyMol. Danh sách các đối tượng cho thấy đối tượng được nạp hiện thời; đối tượng có thể được ẩn bằng cách nhấn vào thanh chứa tên của nó. Ở bên phải của mỗi tên đối tượng là bốn ô vuông chỉ các menu thả xuống khi nhấp vào. Ô vuông đầu tiên cho phép bạn thực hiện các hành động cơ bản trên bất kỳ đối tượng nào (xóa nó, trung tâm xem trên nó, vv). Ô vuông thứ hai là biểu diễn đối tượng, chuyển hướng theo đại diện khác nhau (phim hoạt hình, khung dây, spacefill, vv). Ngược lại, ô vuông thứ ba là trình đơn 'ẩn'. Ô vuông cuối cùng điều khiển màu sắc của từng đối tượng.7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Trong khi một số chức năng đơn giản có sẵn thông qua các menu GUI, hầu hết các tương tác với PyMol là thông qua một hệ thống ngôn ngữ đặc biệt. Hình thức cơ bản của một lệnh là một từ khóa, các yêu cầu của lệnh có thể cách nhau bằng một hoặc nhiều dấu phẩy. Ví dụ: lệnh “color red, hetatm” màu của tất cả các phân tử không phải là protein đều là màu đỏ.Ngược lại,không sử dụng lệnh thứ 2 trong trường hợp tất cả các nguyên tử là màu đỏ. Trong hầu hết trường hợp, yêu cầu đầu tiên là 1 lệnh cụ thể được sử dụng (ví dụ như một tên tập tin để tải / lưu, hoặc tên một màu cho màu sắc), trong khi phần thứ hai, là tên của đối tượng hoặc chọn lệnh được áp dụng.7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Các lệnh được sử dụng phổ biến nhất được liệt kê trong bảng dưới đây, có danh sách đầy đủ, được lấy từ trang web:]. Để đơn giản, đây không phải là tất cả các lệnh tùy chọn được liệt kê, mà chỉ là những lệnh được sử dụng phổ biến nhất (được hiển thị giữa các dấu ngoặc vuông). 7.1 Giới thiệuPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.1 Giới thiệuLệnh Chức năngTải Đọc trong một tập tin dữ liệu. Các loại tập tin được tự động tìm kiếm. Lưu Lưu những dữ liệu có liên quan vào một tập tin. Chọn Chọn ra những nguyên tử/ những phần còn lại từ một đối tượng hay từ một lệnh cụ thể. Xóa	 Xóa một đối tượngMàu sắc Thiết lập màu của một đối tượngPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	7.1 Giới thiệuLệnh Chức năngHiển thị Bật một loại hình đại diện cụ thể (ví dụ như catoon, spacefill) cho một đối tượngẨn	 Tắt một đại diện cụ thể Thiết lập	 Thay đổi một tham sốĐịnh vi Trung tâm xem một lựa chọn hoặc đối tượngKhoảng cách Đo khoảng cách giữa hai nguyên tử, và vẽ một đường đứt đoạnPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Nhiệm vụ 7.1: Tổng PyMol sử dụng• Mở 5LIP cấu trúc ở PyMol và điều tra cấu trúc.• Hãy cho mình quen thuộc với việc xử lý PyMol.• Hiển thị các chất ức chế ràng buộc như các lĩnh vực:• Trường hợp là các trang web hoạt động? Mẹo: Sử dụng các đại diện bề mặt.• Canxi ràng buộc là trang web?• Hiện các dư lượng bên hoạt động bao gồm cả lỗ oxyanion.7.2 Các bài tậpPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Nhiệm vụ 7.2: Khám phá các tính năng protein• Là những khu vực cao nhất B-yếu tố nằm ở đâu?• Hiện tính, cực và các axit amin kỵ nước bằng cách sử dụng các màu sắc khác nhau.• Có bất kỳ trái phiếu disulfide trong protein?• Làm thế nào chúng ta có thể hiển thị các liên kết hydro?7.2 Các bài tậpPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Nhiệm vụ 7.3: Xác định địa chỉ liên lạc tinh thể• Rõ ràng PyMol không gian làm việc và tải lại file gốc PDB.• Sử dụng lệnh "symexp" để hiển thị các phân tử đối xứng liên quan trong mạng tinh thể.• Giấu tất cả mọi thứ mà đi là hơn 5 A. từ phân tử của chúng tôi.• Chọn các dư lượng, được tiếp xúc với các phân tử khác.• Màu sắc sau khi B-yếu tố.7.2 Các bài tậpPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Nhiệm vụ 7.4: bản đồ mật độ điện tử (EDM):• Rõ ràng PyMol không gian làm việc.• Tìm kiếm bản đồ mật độ electron của Pseudomonas cepacia lipases Server EDM.• Nạp EDM và các tập tin tương ứng PDB.• Sử dụng thuật sĩ mật độ PyMol để điều chỉnh EDM.• Chơi xung quanh với protein, nhìn vào xoắn, song song chống b-viết tắt, và như vậy.• Màu sắc cấu trúc theo B-yếu tố.• Làm thế nào để tìm EDM tại các khu vực cao B-yếu tố?7.2 Các bài tậpPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	Nhiệm vụ 7.5: Protein được giải quyết bằng cách nhiều phương pháp thực nghiệm:• Tìm kiếm cơ sở dữ liệu PDB cho protein đã được giải quyết với nhiều phương pháp (X-ray và NMR)• Hình dung các cấu trúc trong PyMol7.2 Các bài tậpPhần 7: Hình ảnh của cấu trúc protein	PyMol liên quan:PyMol trang chủ:  Wiki:  hướng dẫn:  ~ Gareth / pymol /Cơ sở dữ liệu:PDB:   Tài liệu tham khảo